Алексей Яковлев активно настаивал на решении Комитетом по здравоохранению Санкт-Петербурга проблемы недостаточного финансирования больницы, ее огромных (1,5 млрд руб.) долгов - он направил 40 обращений на эту тему в разные инстанции. Все они оставались без ответа до тех пор, пока в самом конце 2019 года прокуратура Санкт-Петербурга в ответ на его жалобу не вынесла заключение: недофинансирование больницы связано с тем, что тарифы не соответствуют реальным расходам. После этого Территориальному Фонду ОМС было вынесено предписание пересчитать тарифы, что и было сделано в конце февраля 2020 года, сразу после увольнения Алексея Яковлева с поста главврача Боткинской больницы. Больнице были выделены необходимые средства. Во многом, благодаря полученным ресурсам, инфекционному стационару удалось показать хорошие результаты в лечении больных и обеспечить защиту медицинского персонала - ни один из сотрудников не умер во время весенней вспышки эпидемии, никто из них не попал в реанимацию. Все заболевшие сотрудники перенесли COVID-19 в легкой или средней форме.