Команда Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ

предприниматель-новатор
титульный партнер
титульный партнер
стратегический партнер
Команда Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ
титульный партнер
титульный партнер
стратегический партнер
Центр алгоритмической биотехнологии СПбГУ
титульный партнер
титульный партнер
стратегический партнер
Команда биоинформатиков, создавшая в кратчайшие сроки ряд важных программ для расшифровки геномов вирусов.
Центр алгоритмической биотехнологии (ЦАБ), создателем и главным научным консультантом которого является Павел Певзнер, получил широкое признание в мировой науке ещё несколько лет назад благодаря созданию сборщика геномов — SPAdes, ставшего сегодня одним из самых популярных в мире. Этот успех продолжили другие разработки Центра, позволяющие эффективно работать с данными современных омиксных технологий ученым и практикам в различных сферах науки о жизни. Кроме того, заметными событиями стали совместные с учеными из Университета Калифорнии и Университета Карнеги-Меллон разработки новых алгоритмов поиска антибиотиков — приоритетной задачи для многих мировых биомедицинских центров из-за глобальной проблемы резистентности микроорганизмов.
Поэтому неудивительно, что в 2020 году ЦАБ активно включился в поиск решений, которые помогли бы медикам и вирусологам справиться с новой коронавирусной инфекцией. Команда центра, в ответ на поступающие просьбы ученых из разных стран, разработала несколько новых модулей SPAdes. Это metaviralSPAdes для поиска геномов вирусов в сложных природных сообществах (благодаря чему недавно было найдено 600 новых вирусов) и coronaSPAdes, который учитывает уникальные особенности строения геномов коронавирусов и данных их секвенирования. Разработки 2020 года позволили ученым быстрее и удобнее «работать» с геномом COVID-19, отличным от геномов других коронавирусов, и эффективно следить за возникающими в нем мутациями. Прогресс сборщиков геномов ЦАБ способствует более тщательному анализу геномов вирусов и тем самым — созданию новых и совершенствованию существующих тест-систем и вакцин. Авторы metaviralSPAdes и coronaSPAdes — в основном молодые ученые Центра, работающие под кураторством опытных коллег.
Все программы Центра просты в употреблении и являются программами с открытым исходным кодом (open source), что открывает доступ к ним всем желающим.
Интересный кейс?
Мнения
Маргарита Бородатова
Генеральный директор ООО "УК "ДОХОДЪ"
«Коронакризис заставил обратить особое внимание на отрасли науки, связанные с медициной и биотехнологиями, что является положительным фактором для процесса популяризации науки и роста инвестиционной привлекательности отдельных ее отраслей. Центр алгоритмической биотехнологии СПбГУ закрепился в информационном поле как активный участник разработок в сегменте геномики. В данном случае, в достаточной степени фундаментальный вклад Центра следует оценивать с точки зрения не только борьбы с коронавирусной инфекцией, но и с другими РНК-вирусами. А открытость исходного кода программы, разработанной Центром, — это важный маркер сотрудничества и солидарности в условиях борьбы с пандемией».
Вячеслав Трактовенко
Предприниматель, региональный координатор «Клуба лидеров» в СПб и ЛО
«ЦАБ СПбГУ является примером того, как в сложной ситуации пандемии высокотехнологичные компании, имеющие свои платформы и разработки, готовы открываться для кооперации с другими игроками рынка и предоставляют доступ к своим решениям бесплатно для достижения общей выгоды. Разработка нового open source модуля программы для анализа генома РНК-вирусов позволяет научным центрам по всему миру существенно быстрее изучить природу самого вируса и его мутацию. Ценность такого подхода — в возможности разработать тест-системы и более эффективные вакцины. Таким образом, ЦАБ создает условия для взаимодействия с другими игроками данного сегмента рынка и вывода на рынок продуктов, которые позволят победить вирус. Одновременно ЦАБ СПбГУ формирует свои кооперационные цепочки, потенциально увеличивая свою выручку в будущем».
Шариф Галеев
Управляющий партнер Deloitte в Санкт-Петербурге
«Хотя компания Deloitte в мире вообще и в Петербурге, в частности, очень быстро развивается в технологической области — соответственно, мне многое приходится изучать — моих знаний не хватает, чтобы понять детали достижений петербургских ученых. Но так и должно быть с передним краем науки — он слишком далеко отодвинулся от уровня знаний простых смертных. Тем не менее, моих знаний достаточно, чтобы утверждать: люди в ЦАБ заняты крайне важным для всех нас делом. Как показала пандемия, человечеству необходимо решить проблему возникновения новых инфекций — и вирусных, и бактериальных. Мы мало знаем об инфекциях — знаний всего человечества пока не хватает для того, чтобы даже год спустя с начала пандемии нового коронавируса выиграть войну с ним. Значит, необходимо узнать значительно больше, и информационные технологии того спектра, которым занимается ЦАБ, дают человечеству мощные инструменты для получения этих знаний. Мне очень приятно, что передний край мировой науки сейчас проходит и через Петербург».